En esta época la Catedral de Santiago de Cuba (Heredia e/ San Félix y Santo Tomás, Santiago de Cuba) se encontraba en retroceso con respecto a la música. Se hacían los mayores esfuerzos por encontrar a un organista fiel, ya que por estos años en los oficios religiosos se comenzó a carecer de la solemnidad del órgano; por no haber persona con preparación que lo tocase. El coro estaba constituido por dos chantres asistidos y en ciertas festividades, por negras cantoras y por algún instrumentista local. Un defecto verdaderamente delicado del período en la catedral, es que el coro se encontró sin libros de canto llano para su gobierno. El maestro de campo don Álvaro de la Raspudia fue el encargado de conseguir los libros necesarios en México.

Bayamo era la segunda población de la isla, por la densidad poblacional, por su tesoro pecuario y la comercialización de reses y cueros, entre otros productos; realizado casi todo de contrabando. La villa se vio beneficiada en cuanto a la música religiosa. Las ceremonias de culto que se realizaban en Bayamo tenían, según testimonios de la época como el de Vicente Balboa, una singular brillantez en comparación con las de Santiago de Cuba.

En la iglesia de San Cristóbal de La Habana, cuya construcción de mampostería se inició en 1550, florecía también la música religiosa. En 1612, se instaló allí un órgano, en estos tiempos se le concedía mayor atención a la majestad de los oficios religiosos. Años más tarde para mantener el nivel de las ceremonias, hubo que disponer de cantores instruidos. Se crea el colegio de San Ambrosio (San Ignacio e/ Tejadillo y Empedrado, Habana Vieja. Ciudad de la Habana) para la enseñanza de doce niños que sirvieran en el altar y el coro de la Parroquial Mayor.