José Manuel Mestre cursó estudios de Filosofía en la Universidad de la Habana, así como de disciplinas vinculadas a la jurisprudencia, llegando a ejercer la profesión de abogado, se interesó particularmente por la Filosofía del derecho. Fue discípulo de José de la Luz y Caballero, de quien aprehendió las concepciones en torno al principio del deber como rector de la conducta humana, bastante arraigada en parte de la generación joven de su tiempo.

Sus tesis filosóficas, algunas de ellas manifiestas en “Consideraciones sobre el placer y el dolor” que presentó para optar por una cátedra en la Facultad de Filosofía, apuntan hacia la necesidad del desarrollo humano ilimitado en todas las esferas, las cuales estaban contraídas por la esclavitud y el colonialismo. Otorga un justo lugar a la investigación histórica como vía para entender el presente y fomentar el porvenir. Su postura filosófica es de naturaleza ecléctica, al igual que muchos de sus predecesores como el propio Félix Varela, asentada en el paradigma positivista.

Al igual que Francisco de Frías, se adhirió primero al anexionismo y después al reformismo; aunque más bien por una cuestión coyuntural pues al parecer nunca creyó sinceramente en la viabilidad de las peticiones reformistas.

Su labor periodística evidencia un amplio acerbo cultural así como efectividad en el dominio del lenguaje, lo cual revela sus esmeradas lecturas tanto científicas como literarias, en un período en que las fronteras entre ambos perfiles no estaban definitivamente trazadas.

Su dominio de la lengua se extendió asimismo al ámbito de la oratoria, donde resulta interesante el discurso pronunciado en el Cooper Institute, de New York, con motivo del cuarto aniversario del 10 de Octubre. En esta época se encargaba de la representación de la República en Armas en New York, a raíz de la muerte de José Morales Lemus y el discurso formó parte de una estrategia general que se proponía el reconocimiento diplomático de la beligerancia de los insurrectos por parte de los Estados Unidos, con cuya propia gesta de liberación del colonialismo inglés establecía un paralelo.

Su labor al frente de la representación de la República en Armas tuvo un matiz conciliador y de acatamiento a la autoridad de Carlos Manuel de Céspedes, no porque simpatizara especialmente con el líder sino debido a que comprendió la importancia de la disciplina y el orden para llevar a buen término el empeño bélico. Sin embargo, nunca llegó a radicalizar su pensamiento a tono con los ideales rectores de la Guerra y ante el fracaso de la misma opta por volver a su tesis de la ciencia como verdadero motor del progreso social.