Enrique José Varona militó también en el partido autonomista, incluso perteneció a su junta directiva; sin embargo llegó a convencerse de la inviabilidad de los métodos pacíficos y a ser por tanto partidario decidido de la independencia.

Su obra se inscribe en un espacio cultural que incluye tanto las ciencias sociales como las artes y especialmente la literatura, con respecto a esta última resultan más conocidos sus textos críticos que las piezas poéticas que concibió.

En el aspecto intelectual se caracterizó por ser un certero pensador; no obstante el aspecto formal de sus textos, especialmente los que recogen sus alocuciones, se caracteriza por una elegancia afín al clasicismo y denota un profundo conocimiento de la lengua española. El tono de sus discursos estuvo generalmente impregnado de cierto academicismo pero no huero y aunque incursionó en la lírica, supo mantener las distancias entre ambas vertientes expresivas.

En materia propiamente política, su discurso no era imperativo sino más bien alusivo, escogía en ocasiones motivos de apariencia distante para tejer entonces analogías muy sugerentes, como sucede con su conferencia “El poeta anónimo de Polonia” pronunciada en la velada de la Caridad del Cerro en 1887, donde la vida de Segismundo Krasinski le sirve para ilustrar la situación de Polonia, muy similar a la que se estaba viviendo en Cuba.

En 1895 emigró a los Estados Unidos, radicándose en la ciudad de Nueva York, allí fundó la Sociedad de debates políticos y dictó varias conferencias magistrales en torno al tema de la colonización española en el continente americano y sus errores estratégicos y tácticos.

En 1896, en la Sociedad Literaria Hispano – Americana, pronunció el discurso “Martí y su obra política”, en donde reflejó la misión de organización de la Guerra Necesaria, en la que Martí había desplegado todas sus energías.

El Apóstol había escrito lo siguiente sobre Varona: “Suele la erudición, si es más que el talento, deslucirlo en vez de realzarlo; o se despega de él si es mera ciencia de prólogo, mal habida a última hora, cuando llaman al circo los clarines dorados, y no de oro, de la fama; pero lo mucho que sabe Varona no le estorba, porque lo sabe bien, y se ve en todo el libro aquella paz mental que solo viene del saber seguro, y da a lo escrito autoridad y hechizo”

Al instaurarse la República descolló como profesor universitario y ocupó cargos relevantes en la Universidad de la Habana, se destacó tanto por sus ideas científicas y pedagógicas como por la actitud política que asumió ante el machadato y su convicción antiimperialista; aunque estos elementos se abordarán en la etapa correspondiente a la República.