Luz y Caballero fue el continuador natural de las ideas de Varela en materia de filosofía y educación, sus preocupaciones básicas estaban relacionadas con el método de aprehensión de la ciencia, el cual consideraba que debía ser a un tiempo experimental y racionalista, dejando a un lado el sesgo de la escolástica.

Muy interesante resulta su concepción de unidad de todas las ciencias, en cierto modo divergente de la lógica cartesiana analítica que llevaba a la segmentación de los problemas y progresivamente de los campos del saber; este pensamiento relacional está emparentado con los principios de interdisciplinariedad, que emergerían en una etapa muy posterior del desarrollo epistemológico. Destaca en este sentido también por haber sido defensor de la polémica como estímulo al desarrollo del conocimiento, y la válida coexistencia de perspectivas distintas sobre los fenómenos.

Sobre su impronta, José Martí escribiría: “pues fue maestro y convirtió en una sola generación un pueblo educado para la esclavitud en un pueblo de héroes, trabajadores y hombres libres. Pudo ser abogado, con respetuosa y rica clientela, y su patria fue su única cliente. Pudo lucir en las academias sin esfuerzo su ciencia copiosa, y solo mostró lo que sabía de la verdad, cuando era indispensable defenderla. Pudo escribir en obras – para su patria al menos- inmortales, lo que, ayudando la soberanía de su entendimiento con la piedad de su corazón, aprendió en los libros y en la naturaleza, sobre la música de lo creado y el sentido del mundo, y no escribió en los libros, que recompensan, sino en las almas, que suelen olvidar. Supo cuanto se sabía en su época; pero nunca para enseñar que lo sabía, sino para transmitirlo. Sembró hombres”

Es cierto que José de la Luz y Caballero recibió una formación realmente enciclopédica y poseía información y hondos conocimientos sobre diversos tópicos de las ciencias y las artes; pero desde el punto de vista político no desempeñó un rol tan activo como su maestro Varela, aunque tampoco fue reaccionario ni defensor de las más arcaicas instituciones coloniales, como en ocasiones se le calificó injustamente.

Como pensador estaba condicionado por su pertenencia a la emergente clase de la burguesía criolla, aunque su identificación no fue tal que le impidiera percatarse de las contradicciones fundamentales de la sociedad de su tiempo, por una parte consideraba la esclavitud como un mal; pero temía a la abolición repentina incluso con indemnización. Asimismo, condenó la dominación colonial pero no fue abiertamente independentista –tampoco anexionista, sin embargo, corriente que a veces amenazaba dominar el panorama de las utopías y los proyectos separatistas- sino reformista, aspecto sobre el cual trasluciría ciertas vacilaciones.

Se interesó particularmente por la filosofía del arte, en este sentido creía en la existencia de un don infuso, el cual podía ser cultivado a través de la educación pero no implantado por ella, consideraba que el arte “está arraigado en el corazón del hombre y fecundado por el espectáculo del universo” Específicamente en la literatura consideró el ámbito del imaginario nacional como inserto en la literatura universal.

Gustaba de plasmar sus ideas en aforismos; aunque – consecuente con sus ideas científicas- no creyó en preceptivas literarias y le otorgó igual mérito a obras procedentes de diversas corrientes, sus textos críticos fueron escasos y sus preferencias literarias hay que rastrearlas en selecciones y traducciones de las obras de sus contemporáneos